学霸的模拟器系统 第160节

　　看到林允宁主动揽责，格林伯格的表情没有丝毫变化。

　　他靠回椅背，双手交叉放在桌上。

　　“但是，”

　　他话锋一转，“我看了你们昨晚提交的初步报告。我必须承认，在项目被叫停而且资源被切断的情况下，你们没有放弃，而是想办法用有限的资源继续推进。这种执着的精神，我必须给予肯定。”

　　程新竹猛地抬起头，有点不敢相信自己的耳朵。

　　“现在，我想听听，”

　　格林伯格的目光锁定在林允宁身上，“你那个所谓的‘构象反向传播’，到底是什么东西。用我能听懂的语言，解释一下。”

　　林允宁知道，真正的考验来了。

　　他没有去碰电脑，而是站起身，走到办公室角落那块小小的白板前，拿起一支笔。

　　“教授，我们之前的思路，是‘积分’。就像知道了一个物体的初始位置和受力，去计算它未来的运动轨迹。但蛋白质的构象空间太复杂，计算量是天文数字，所以我们失败了。”

　　“所以你们换了思路。”格林伯格接话。

　　“对。我们换成了‘反演’。”

　　林允宁的思路很清晰，“我们不再关心它‘将要去哪’，而是根据它‘最终在哪’，来反推它‘最可能从哪来’。”

　　他看着格林伯格的眼睛，用了一个更精确的比喻。

　　“这本质上是一个信息重构问题。我们手里有几万张分辨率极高的‘藏宝图碎片’，也就是处理过后的冷冻电镜图像。

　　“我的算法，就是一套寻找‘最经济的拼接方式’的规则。

　　“它会不断尝试各种拼接的可能性，每拼接一块，就计算一次当前这幅画的‘信息熵’，或者说‘混乱程度’。然后，它会永远选择让整幅画变得更清晰、更符合物理规律的那一种拼接方案。”

　　格林伯格静静地听着，脸上的表情从审视，慢慢变成了凝重。

　　他追问了一个核心问题：

　　“你怎么定义‘更符合物理规律’？这是关键。否则，你的算法只会给你一条数学上最漂亮，但生物学上毫无意义的曲线。”

　　“我们用了两个强约束，”

　　林允宁回答，“第一，路径在能量上必须是连续下降的，不能凭空翻越无法逾越的能垒。

　　“第二，路径上的每一个中间态，它的二维投影，必须能在您那几万张实验图像中，找到统计意义上高度相似的匹配。

　　“我们用实验数据，给这个数学模型，制定了一个‘罗盘’。”

　　话音落下。

　　办公室里陷入了长久的沉默。

　　格林伯格没有说话，他只是摘下眼镜，用指节用力按压着眉心。

　　他站起身，在巨大的落地窗前踱步，然后猛地转过身，眼神里是一种林允宁从未见过的、混杂着震惊与兴奋的光芒。

　　“把你的电脑连上投影。”

　　他用不容置疑的语气说道。

　　林允宁将笔记本接上投影仪，屏幕上出现了那条穿越了上千个数据点的红色轨迹。

　　“很好，”

　　格林伯格走到屏幕前，指着轨迹中间那个突兀的“尖峰”，“把这个过渡态结构，单独渲染出来。”

　　林允宁敲了几个命令，那个结构极其扭曲的蛋白质三维模型，出现在幕布上。

　　格林伯格死死地盯着那个模型，像是要把它的每一个原子都看穿。

　　他快步走回办公桌，打开电脑，在Google Scholar里飞快地输入了几个关键词。

　　很快，一篇刚刚在线发表在《细胞》（Cell）上的论文被他调了出来。

　　他将其中一张插图放大，拖到屏幕的左侧。

　　那是一张用核磁共振技术解析出的、某个蛋白质片段的结构图。

　　然后，他将林允宁渲染出的那个过渡态模型，拖到了屏幕右侧。

　　“看这里。”

　　他用鼠标指针，在两张图上一个相同的位置，画了一个红圈。

　　左边，是斯坦福大学医学院一个顶级实验室，耗费数百万美元的设备和两年时间，刚刚找到的一个潜在的阿尔茨海默症药物靶点。

　　右边，是林允宁和程新竹用一台普通的戴尔工作站，花了一周时间，“反推”出来的中间体结构。

　　两个来自不同实验室，用完全不同的方法得到的三维模型，在屏幕上并排显示。

　　除了因为分辨率不同而导致的细节差异，整体的骨架结构、关键氨基酸残基的相对位置……

　　几乎一模一样。

　　“天哪……”

　　程新竹捂住了嘴，眼睛瞬间红了。

　　这不是巧合。

　　这是来自真实物理世界的、最无可辩驳的证据。

　　“他们花了两年的时间，用了世界上最顶级的核磁共振设备，找到了这一个潜在的药物靶点。”

　　格林伯格转过身，看着林允宁和程新竹，眼神里是前所未有的激动。

　　“而你们，用了一周的时间，不仅独立地验证了他们的发现……”

　　他伸出手指，在屏幕上那条红色的轨迹上，另外三个稍小的能量尖峰处，依次点了点。

　　“……而且，很可能还找到了另外三个，全世界都还不知道的、全新的潜在靶点。”

　　他看着眼前的两个年轻人，一字一顿地说道：

　　“你们知道，这意味着什么吗？”

　　他回到办公桌前，拿起电话，直接拨通了计算中心主任的号码。

　　“是我，大卫·格林伯格。请为我预留Beowulf集群的计算资源，最高优先级，全部供给我的学生程新竹。对，全部。”

　　他挂掉电话，又看向林允宁和程新竹。

　　这一次，他的眼神里不再有审视，只有纯粹的、一个科学家对开创性工作的欣赏。

　　“你们立刻回去，用全部数据，把完整的路径网络跑出来。林，我想你可能需要额外写一个关于这套算法的具体细节。”

　　他顿了顿，语气变得无比郑重。

　　“你提出的这个算法，价值无可估量。在论文发表之前，我们必须立刻联系学校的技术转让办公室，为它的核心部分，申请专利。”

　　……

第145章 怪物都有弱点（求订阅求月票）

　　格林伯格教授办公室的门在身后关上，程新竹长长地舒了一口气，整个人像一根被松开的弹簧，差点瘫在走廊的墙上。

　　“吓死我了……”

　　她拍着胸口，小声抱怨，“我老板平时开组会都没这么严肃过。”

　　林允宁笑了笑，没说话。

　　“喂，”

　　程新竹跟上他的脚步，用胳膊肘轻轻碰了他一下，“那个……谢谢你啦。”

　　“合作愉快。”

　　“才不是合作愉快！”

　　她扬起脸颊，“我是说，谢谢你没有放弃。我……我前天差点就放弃了。”

　　林允宁停下脚步，看着她。

　　“我没有放弃的理由。”

　　他说。

　　……

　　五月的芝加哥，风终于带上了暖意。

　　林允宁和沈知夏一左一右地扶着沈母孟筱兰，走上一艘白色的观光船。

　　船身不大，沿着芝加哥河缓缓向密歇根湖驶去。

　　“妈，您看那边，”

　　沈知夏指着岸边一栋直插云霄的玻璃幕墙大楼，“那是西尔斯大厦，以前是全世界最高的楼呢。”

　　孟筱兰的病情没有好转，但也没有恶化。

　　这段时间林允宁来得勤，她已经不再怕他，只是记忆依然停留在过去，看他的眼神，像是在看一个熟悉又陌生的邻家晚辈。

　　“真高，”

　　她眯着眼，像个孩子一样仰头看着，“能戳到天上去吧？”

　　林允宁看着她，心里有些发酸。

　　船只穿过一座座铁桥，两岸是芝加哥闻名遐迩的摩天楼森林。

　　玉米楼、箭牌大厦、论坛报大厦……风格各异的建筑在午后阳光下，投下巨大的阴影。

　　“你看那边，还在盖呢。”

　　沈知夏指着河边一个巨大的工地，数十层高的钢筋混凝土核心筒已经拔地而起。

　　“特朗普大厦，”

　　林允宁说，“听说一两年内就该封顶了。”

　　孟筱兰对这些不感兴趣，她只是看着河里追逐着游船的野鸭，脸上露出开心的笑容。

　　沈知夏熟练地拿出一个小桔子，剥好皮，塞在母亲手里，然后往林允宁身边凑了凑，将手伸了过来。

　　林允宁握住，她的手有些凉。